서울대학교 치의학대학원은 치의학 분야에서 국제수준의 선도적 연구 성과를 창출하기 위하여 5개 주요 연구부와 연구지원부를 치학연구소 산하에 두고 활발한 연구를 진행하고 있다. 그 결과, 2005년 이후 연간 평균 143편 내외의 과학기술분야 국제학술지 (SCI) 논문을 발표하고 있으며, 연구비 수주액도 2007년 60억 정도였으나 2010년 100억 이상으로 매년 증가하고 있다.

또한, 첨단생체공학을 통한 창의적 치의학 연구를 수행하는 골대사 연구센터 (SRC)와 구강악안면노인성기능장애연구센터(MRC)가 과학기술부에서 지정하는 우수연구센터로, 치아형성 및 재생에 관한 연구를 수행하고 있는 치아생체공학연구실과 통증신호조절 및 제어기술을 개발하고 있는 통증생체신호연구실이 한국연구재단에서 지정하는 국가지정연구실로 선정되었고, 한국연구재단의 중견연구자 과제로 선정된 미생물 특이 분자패턴과 숙주 면역체계와의 상호작용 네트워크, CXCL10 조절을 통한 골전이 억제제 개발 등 본교의 연구활동에 대한 국가적 지원이 날로 확대되고 있다 .